j'ai trouvé plusieurs sens :
En vrai patois = mettre.
è ne fât pe botter son doigt entre l'arbre et l'écouèche
ou se r'botter = se rappeler, se remettre
I m'en r'botte pe (je ne m'en souviens pas)
en parler franc comtois : plaire en parlant d'une chose
elle me botte cte bagnôle
ou encore se faire botter le derrière...

ne pas confondre avec botteler = faire des bottes de paille